המרכז האקדמי פרס מציע שלושה מסלולי לימוד לתואר שני, בעלי תוכניות לימוד גמישות וייחודיות, סגל אקדמי מהשורה הראשונה, תעודות מקצועיות הניתנות במהלך התואר השני, ומסלולים המלווים ע"י בכירי החברות במשק.
תכנית לימודים מעשית 
מסלול לימודים ייחודי ונוח
סגל מרצים מהמובילים בתחומם
תואר פלוס
נבחרת מרצים מובילה בראשה פרופ' מלכה מרגלית, כלת פרס ישראל בתחום חקר החינוךמסלול לימודים ייחודי ונוחתכנית לימודים מעשית
תכנית הלימודים לתואר שני M.B.A מנהל עסקים, מיועדת להנחיל לבוגריה כלים אשר יכשירו אותם לתפקידי ניהול בכירים במוסדות עסקים וציבוריים.
התכנית מתאימה לבוגרי תואר ראשון, המעוניינים לשדרג את ידיעותיהם וכישוריהם בתחום האסטרטגי של מנהל עסקים.
מסלול החברותתואר פלוס
לימודי ערבהכשרה לתפקידי ניהול בכירים